Het landgoed is rond 1650 ontstaan. Het huidige landhuis werd gebouwd door Richard A.L. Nobel, in de periode van 1851 – 1881.
In 1829 werd het landgoed in tweeën gedeeld door de aanleg van de Zuiderzeestraatweg. Via de familie Van Palland kwam het landgoed in 1925 in het bezit van Johan Paul Graaf Van Limburg Stirum. De oorlogsjaren heeft het echtpaar doorgebracht op het landgoed. Na hun overlijden werden ze begraven in hun mausoleum op het landgoed.

In het testament werd bepaald dat het landgoed in het bezit kwam van de Stichting IJsselvliedt, met als doel het bijeenhouden van het landgoed met een goed maatschappelijk doel. In de jaren 1950 en 1960 werd het landgoed gebruikt voor het tijdelijk onderbrengen van Indische Nederlanders die in Nederland kwamen wonen.Vanaf 1972 huurt het Rode Kruis dit landhuis voor het organiseren van vakanties voor o.a. mensen met een handicap.

Het Rode Kruis heeft per 1 januari 2014 de exploitatie van IJsselvliedt beëindigd. Stichting Groepshotel IJsselvliedt zet de exploitatie voort, zodat de vakantiegasten van het Rode Kruis ook vanaf 1 januari 2014 gebruik kunnen blijven maken van Hotel IJsselvliedt.