De geschiedenis van Kasteeldomein Zellaer gaat wellicht minstens terug tot de 13e eeuw. Toen stond er een waterslot op de plek waar het huidige kasteel nu staat. De eerste bewoner was naar alle waarschijnlijkheid Arnold van Zellaer, een welgesteld kanunnik van Sint-Rombouts. Het domein is sindsdien altijd een gegeerde woonplaats in de rand van Mechelen geweest. Er hebben meerdere hoge geestelijken gewoond, verschillende burgemeesters van Mechelen, een burgemeester van Bonheiden, welgestelde zakenlui, enkele graven en een baron. Door deze opeenvolging van verschillende bewoners zijn er ook heel wat verbouwingswerken en nieuwbouwwerken gebeurd op het domein. Er hebben dan ook meerdere kastelen op dezelfde plek gestaan binnen het domein.

Het huidige kasteel is een neo-gotisch waterslot dat gebouwd werd rond 1885. De buitengevel vertoont een robuust uiterlijk met een ophaalbrug, een Donjon, kantelen en schietgaten. De gevelsteen is Gobertange zandsteen die afkomstig is van de afbraak van de stadsomwalling van Vilvoorde. Het interieur van het kasteel vertoont heel wat goed bewaarde elementen die eerder in Renaissance stijl werden uitgevoerd, met prachtig houtsnijwerk en beschilderingen. De structurele elementen zoals de trappen en plafonds werden vaak uitgewerkt in een combinatie van gegoten staal en hout, kenmerkend voor de periode waarin het kasteel gebouwd werd (industriële revolutie).

Het 18,5 hectare grote kasteelpark omvat nog heel wat historische elementen zoals een grachtenstructuur, vijver en dreven die centraal samenkomen in een ster. Heel wat van deze structuren dateren minstens uit de 18e eeuw, gezien ze al zichtbaar zijn op de Ferrariskaarten (1771-1778).

In 2017 heeft de gemeente Bonheiden het kasteeldomein gedeeltelijk aangekocht. De vzw Foyer De Charité Bonheiden, een lekengemeenschap van de Katholieke kerk en de toenmalige eigenaar van het domein, bleef ook gedeelde eigenaar van het domein. Kempens Landschap heeft het volledige kasteeldomein in erfpacht genomen voor een periode van 54 jaar.

Begin 2018 zijn Kempens Landschap en de gemeente Bonheiden gestart met de opmaak van een geïntegreerd natuur- en erfgoedbeheerplan voor het volledige kasteeldomein Zellaer. Hiervoor werd een studiebureau, met name Antea Group, aangesteld. Het beheerplan zal het leidend kader worden voor de opwaarding van het kasteelpark, de restauratie en herbestemming van de gebouwen, en de publieke openstelling van het hele domein. De doelstelling die vooropgesteld wordt is om het domein een publieke functie te geven zodat de hele bevolking kan genieten van dit prachtige kasteeldomein en zijn rijke geschiedenis, maar daarbij zeker de draagkracht van het domein op vlak van natuurwaarden en erfgoed niet te overschrijden.